Jika diperhatikan, gaya arsitektur masjid mengambil perpaduan gaya Jawa dan Hindu Majapahit. Hal ini bisa dilihat dari gapura di bagian halaman masjid yang biasa terdapat pada bangunan pura, sedangkan seramb dan atap masjid menyerupai rumah joglo, yaitu rumah adat masyarakat Jawa.
Awalnya, masjid ini dibangun dengan 12 tiang penyangga atau saka guru yang terbuat dari kayu jati. Karena faktor usia, kayu penyangga ditopang dengan tiang-tiang yang terbuat dari besi serta menambahkan 18 penyangga baru saat pemugaran yang dilakukan pada 1977.
Keistimewaan lain, masjid ini mempunyai sembilan pintu sebagai jalan masuknya. Satu pintu utama dan delapan di sisi kanan dan kiri. Pintu utama masjid yang berukuran 240 cm hanya dibuka pada saat salat Jumat dan hari besar Islam lainnya, seperti Maulid Nabi, salat Idul Fitri, dan Idul Adha, sedangkan pintu di bagian samping dibuat lebih rendah dengan ukuran 160 cm ssbagai simbol penghormatan dan merendahkan diri saat memasuki masjid.
4. Makam Sunan Gunung Jati
