Dualisme ini sebenarnya punya akar sejarah yang panjang di Malaysia. Dengan mayoritas penduduk Muslim, kebutuhan akan pendidikan agama yang kuat itu sangat terasa. Para orang tua ingin anak-anak mereka tidak hanya cerdas secara akademik, tapi juga punya pemahaman agama yang mendalam dan berakhlak mulia. Maka, muncullah sistem ini sebagai upaya untuk memenuhi kebutuhan tersebut.
Tentunya, sistem sekolah ganda ini punya kelebihan dan tantangannya sendiri. Kelebihannya, siswa punya pilihan yang lebih luas sesuai dengan minat dan nilai-nilai keluarga mereka. Mereka bisa mendapatkan pendidikan umum yang komprehensif sekaligus memperdalam ilmu agama. Namun, tantangannya adalah bagaimana menyelaraskan kedua sistem ini agar tidak terjadi kesenjangan kualitas atau bahkan "polaritas" di antara para lulusannya. Ada kekhawatiran tentang standar kurikulum, ketersediaan guru yang berkualitas, dan bagaimana siswa dari sistem agama ini bisa berintegrasi dengan baik di jenjang pendidikan yang lebih tinggi atau di dunia kerja yang lebih umum.