Sebagai langkah untuk merealisasikan program ini, telah terjadi pemotongan anggaran di beberapa kementerian hingga sebesar Rp306 triliun, menimbulkan kontroversi di kalangan birokrat dan masyarakat. Pemotongan ini menyebabkan kementerian pendidikan menghadapi pemangkasan anggaran hingga 50%, memicu kemarahan di kalangan mahasiswa dan memunculkan isu-isu lain seperti pembatalan program beasiswa.
Di tengah berbagai tantangan tersebut, isu korupsi juga mengemuka. KPK mencatat adanya kemungkinan kasus penipuan terkait anggaran MBG pada bulan Maret 2025. Pada bulan April, polisi memulai penyelidikan terkait laporan dugaan penggelapan yang diajukan oleh mitra penyedia makanan di Jakarta Selatan. Penyedia ini mengklaim belum menerima pembayaran sejak Februari. Meski Prabowo berjanji untuk menangani tuduhan-tuduhan tersebut, banyak pihak memperingatkan bahwa keberadaan korupsi dalam program bantuan sosial berskala besar di Indonesia sudah menjadi sejarah yang suram.
Analis di Badan Pemeriksa Keuangan (BPK) menyatakan bahwa besarnya anggaran yang dialokasikan untuk program ini justru membuka peluang bagi praktik korupsi, menjadikannya sebagai "tambang emas" bagi pejabat yang tidak bertanggung jawab. Masalah-masalah ini tentunya menciptakan tantangan besar bagi pelaksanaan MBG ke depannya, dan sektor pendidikan di Indonesia memerlukan lebih banyak perhatian serta pengawasan yang ketat agar penggunaan dana publik dapat dipertanggungjawabkan.
