Laporan jurnalis Al Jazeera juga mengungkapkan bahwa militer Israel terus menargetkan orang-orang di rumah sakit. Siapa pun yang bergerak di RS Indonesia disebut bakal ditembaki.
Pada awal agresi, Israel juga menuding sejumlah rumah sakit di Gaza, termasuk RS Indonesia, menampung milisi Hamas sebagai markas sekaligus perisai dari serangan Tel Aviv. Namun, Hamas membantah tuduhan Israel bahwa mereka menjadikan rumah sakit sebagai markas. Pengelola RS Indonesia di Gaza juga membantah tudingan tersebut secara tegas.