Isi keranjang yang telah dibuat dengan beras ketan hingga hampir penuh, karena saat dimasak beras akan mengembang. Tutup keranjang dengan ujung janur yang tersisa, rapatkan agar tidak ada beras yang menempel di luar. Lakukan hal ini hingga semua beras ketan habis terpakai.
Setelah semua ketupat siap, kini saatnya memasak ketupat. Siapkan panci besar dengan air yang cukup, lalu didihkan air tersebut. Masukkan ketupat ke dalam panci dan pastikan semua ketupat terendam dalam air. Masak ketupat selama 3-5 jam, tergantung pada ukuran ketupat dan jenis beras ketan yang digunakan. Pastikan untuk memeriksa air dalam panci secara berkala; jika air mulai menyusut, tambahkan air panas agar ketupat tidak terbakar.
Setelah waktu memasak selesai, angkat ketupat dari panci dan biarkan dingin. Ketupat yang telah matang akan tampak berwarna transparan dan mengkilap. Untuk mendapatkan tekstur yang pulen, penting untuk tidak segera memotong ketupat setelah matang. Biarkan ketupat dalam media bungkusnya hingga suhu turun, sehingga ketupat dapat menyerap kelembapan yang ada.