Dari perpecahan ini muncul berbagai konflik perbatasan dan gerakan separatis. Salah satu sumber utama ketegangan antara India dan Pakistan adalah status wilayah Kashmir, yang mayoritas penduduknya beragama Muslim. Pada awalnya, penguasa Kashmir mengusulkan agar wilayahnya tetap merdeka, tetapi hingga kini, statusnya masih menjadi masalah yang belum terpecahkan.
Pada Oktober 1947, perang pertama meletus di Kashmir ketika kelompok bersenjata dari Pakistan melancarkan serangan ke kawasan tersebut. Dalam situasi kritis, penguasa Kashmir meminta bantuan militer dari India untuk mengendalikan situasi. Namun, sebagai syarat, India mengharuskan Kashmir untuk secara resmi bergabung dengan negara tersebut. Pertempuran berlanjut hingga tahun 1948 dan berakhir dengan pembagian wilayah Kashmir. Pakistan berhasil menguasai sebagian wilayah barat, sementara India menguasai sebagian besar area lainnya. Sementara itu, Tiongkok menguasai dua wilayah kecil di bagian utara Kashmir. India tetap mengklaim keseluruhan wilayah Kashmir, sementara Pakistan menuntut hanya bagian yang di bawah kendali India, dan tidak menuntut wilayah yang dikuasai oleh Tiongkok.
Pada tahun 1965, ketegangan kembali memuncak dengan perang kedua yang terjadi di wilayah Kashmir. Dalam konflik ini, antara 26.000 hingga 33.000 tentara Pakistan, yang menyamar sebagai warga sipil Kashmir, menyusup ke wilayah yang dikuasai India. Ketegangan memuncak ketika pasukan India melintasi perbatasan internasional menuju kota Lahore di Pakistan. Perang berakhir tanpa kemenangan yang jelas, namun menghasilkan gencatan senjata.
