Namun, di balik fenomena hijau ini, ada berbagai potensi ancaman yang perlu diperhatikan. Salah satunya adalah peningkatan curah hujan yang berisiko menimbulkan banjir, terutama karena hujan diperkirakan akan turun dalam intensitas tinggi dan waktu yang singkat. Hal ini disebabkan oleh perubahan pola iklim yang mempengaruhi distribusi curah hujan. Meski lebih banyak air yang tersedia, perubahan pola hujan ini bisa menciptakan ketidakseimbangan yang dapat berbahaya bagi kawasan yang sudah mulai tumbuh subur.
Selain itu, eksploitasi air tanah yang semakin intensif untuk kebutuhan irigasi pertanian dapat mengancam keberlanjutan sumber daya air di masa depan. Tanpa pengelolaan yang baik, penggunaan air tanah yang berlebihan bisa menyebabkan penurunan kualitas dan ketersediaan air, yang pada gilirannya akan mengancam ketahanan pangan yang telah terbangun di wilayah tersebut.
Eksplorasi lebih lanjut mengenai dampak ekspansi pertanian dan urbanisasi juga mengungkapkan potensi ancaman terhadap keanekaragaman hayati. Sejumlah spesies gurun yang telah beradaptasi dengan kondisi ekstrem di gurun Thar berisiko terganggu. Penyesuaian terhadap perubahan lingkungan yang begitu cepat bisa mempengaruhi kelangsungan hidup spesies-spesies tersebut, yang telah menjadi bagian integral dari ekosistem gurun.
Selain itu, tradisi pertanian nomaden yang sudah ada selama bertahun-tahun di kawasan ini juga dapat terancam oleh perubahan besar dalam penggunaan lahan. Dengan semakin terbatasnya ruang untuk kegiatan pertanian tradisional, model pertanian yang berkelanjutan yang mengandalkan cara-cara tradisional ini dapat menghadapi kesulitan bertahan di tengah pesatnya modernisasi.
Meskipun demikian, para peneliti memberikan pandangan optimis terhadap perubahan ini jika dikelola dengan baik. Pengelolaan sumber daya alam yang berkelanjutan di Gurun Thar bisa menjadi kunci untuk memanfaatkan penghijauan ini sebagai peluang besar. Misalnya, dengan memastikan bahwa penggunaan air dan lahan dilakukan secara bijak, maka kawasan ini bisa menjadi model pertanian yang lebih hijau dan ramah lingkungan, dengan tetap mempertahankan keseimbangan ekologis dan sosial budaya lokal.