Sejak pendudukan, masjid ini telah mengalami banyak perubahan yang membuatnya semakin terpisah di antara umat Muslim dan Yahudi. Kontrol pintu masuk oleh pasukan Israel telah mengakibatkan seringnya larangan bagi umat Muslim untuk masuk ke masjid, terutama pada waktu-waktu penting seperti saat adzan. Hal ini menimbulkan ketegangan yang dalam antara umat Muslim dan otoritas pendudukan Israel.
Selain itu, tragedi pembantaian Hebron pada tahun 1994 telah memicu pembagian tragis di dalam masjid ini. Saat ini, 63% dari area masjid telah dialokasikan untuk orang Yahudi, sedangkan sisa 37% tersedia bagi umat Muslim. Pembagian ini terus memperburuk ketegangan agama dan menjadi simbol dari konflik yang terus berlanjut di antara dua komunitas tersebut.
Tidak hanya sebagai tempat ibadah, Masjid Al Ibrahimi juga mencerminkan kompleksitas konflik antara Israel dan Palestina serta upaya Israel untuk mengubah karakter wilayah Hebron. Kebijakan Judaization yang dijatuhkan oleh pemerintah Israel, termasuk alokasi lahan yang lebih besar untuk komunitas Yahudi, telah menyulut ketegangan antara dua komunitas agama yang saling bertentangan.
