Banjir malah akan mengisi sedimentasi di daerah selat tersebut. Hal ini terjadi ketika sungai-sungai di sekitar Selat Muria, seperti di wilayah Muria, selatan Demak, dan selatan Semarang, membawa material yang kemudian mengakibatkan pendangkalan. Namun, hal tersebut tidak berdampak pada timbulnya kembali Selat Muria.
