Penurunan permukaan tanah disebabkan oleh faktor alami dan faktor antropogenik atau dampak aktivitas manusia. Faktor alami mencakup karakteristik tanah sedimen muda yang membuatnya pasti mengalami penurunan muka tanah sekitar 1 sentimeter per tahun. Selain itu, aktivitas tektonik juga merupakan faktor alamiah yang menyebabkan penurunan permukaan tanah dalam skala beberapa milimeter.
Di sisi lain, faktor antropogenik atau ulah manusia menjadi kontributor terbesar terhadap penurunan permukaan tanah. Beban infrastruktur tanah lunak dapat menyebabkan penurunan sebesar 1 sentimeter per tahun, sedangkan eksploitasi air tanah dapat menyebabkan penurunan hingga 7-8 sentimeter per tahun.
Selain penurunan permukaan tanah, kenaikan permukaan air laut akibat perubahan iklim juga dapat menjadi faktor yang berpotensi menyebabkan Selat Muria kembali muncul. Eko menegaskan bahwa banjir bukanlah faktor penyebab kembalinya Selat Muria, bahkan banjir dapat membuat daratan menjadi lebih tinggi.
