Djoko mendirikan perusahaan PT Alfa Mitramart Utama pada tahun 1989, yang bergerak di bidang distribusi dan grosir. Dalam waktu sepuluh tahun, tepatnya pada tahun 1999, minimarket pertama Alfamart dibuka di Karawaci, Tangerang. Konsep toko ritel ini menawarkan berbagai barang kebutuhan pokok dan harian, dan seiring berjalannya waktu, Alfamart tumbuh menjadi salah satu jaringan ritel terbesar di Indonesia dan Asia Tenggara.
Pada tahun 2005, ketika keluarga Sampoerna memutuskan untuk menjual bisnis ritelnya kepada Philip Morris International, Djoko Susanto mengambil langkah strategis dengan membeli seluruh saham Alfamart melalui PT Sigmantara Alfindo, yang menjadikannya pemegang saham mayoritas dan pengendali penuh bisnis.
Belakangan ini, Djoko Susanto kembali mencuri perhatian pasar dengan melakukan akuisisi terhadap jaringan Lawson. PT Sumber Alfaria Trijaya Tbk (AMRT), yang merupakan induk usaha Alfamart, resmi mengakuisisi saham PT Lancar Wiguna Sejahtera, perusahaan pemegang waralaba Lawson di Indonesia. Transaksi ini mencapai nilai Rp 200,45 miliar dan diumumkan melalui laman resmi Keterbukaan Informasi Bursa Efek Indonesia.
Lawson, yang berasal dari Jepang, dikenal sebagai jaringan convenience store yang menyediakan berbagai makanan dan minuman siap saji. Meskipun awalnya dimiliki oleh Daiei Inc., kini jaringan Lawson di Indonesia sebagai bagian dari PT Midi Utama Indonesia Tbk (MIDI) menarik perhatian Djoko Susanto, yang kini menguasai 77,09 persen saham MIDI melalui akuisisi tersebut.