Pendidikan dasar Amien Rais ditempuh di Sekolah Dasar Muhammadiyah I Surakarta, diikuti oleh pendidikan menengahnya di Sekolah Menengah Pertama (SMP) dan Sekolah Menengah Atas (SMA) yang juga dilaksanakan di lembaga pendidikan Muhammadiyah. Selanjutnya, Amien Rais melanjutkan studi tingkat sarjana di Jurusan Hubungan Internasional Fakultas Ilmu Sosial dan Politik (FISIPOL) Universitas Gadjah Mada dan meraih gelar Sarjana Muda dari Fakultas Tarbiyah IAIN Sunan Kalijaga Yogyakarta.
Sebagai seorang mahasiswa, Amien Rais aktif terlibat dalam berbagai kegiatan organisasi kemahasiswaan, seperti Ikatan Mahasiswa Muhammadiyah (Ketua Dewan Pimpinan Pusat IMM) dan Himpunan Mahasiswa Islam (Ketua Lembaga Dakwah Mahasiswa Islam HMI Yogyakarta). Setelah menyelesaikan studi sarjananya, Amien Rais melanjutkan pendidikan magister di bidang Ilmu Politik di University of Notre Dame, Indiana, dan berhasil menyelesaikan program ini pada tahun 1974.
Kemudian, Amien Rais melanjutkan studi doktoralnya di University of Chicago, Amerika Serikat, dengan spesialisasi di bidang politik Timur Tengah dan menyelesaikan gelar doktoralnya pada tahun 1984. Disertasinya yang terkenal berjudul "The Moslem Brotherhood in Egypt: its Rise, Demise, and resurgence" menggambarkan ketertarikannya dalam politik Timur Tengah.
Setelah menyelesaikan pendidikan doktoralnya, Amien Rais juga aktif terlibat dalam aktivitas akademis, mengajar mata kuliah di Universitas Gadjah Mada dan menjadi Guru Besar Ilmu Politik. Selain itu, Amien Rais juga mengelola Pusat Pengkajian Strategi dan Kebijakan (PPSK), lembaga yang fokus dalam kegiatan pengkajian dan penelitian atas berbagai masalah strategis yang berorientasi pada penguatan pilar-pilar kehidupan masyarakat.
