Faktor tektonik merupakan salah satu faktor utama yang memengaruhi perubahan wilayah geologi Selat Muria. Proses subduksi lempeng Indo-Australia yang menunjam ke lempeng Eurasia telah menyebabkan penekanan dan pergerakan lapisan bumi di wilayah tersebut. Hal ini menyebabkan penurunan tanah dan menimbulkan tekanan yang berujung pada terjadinya perubahan morfologi wilayah.
Tak hanya itu, peran erosi pantai juga menjadi faktor penting yang berdampak pada kehilangan daratan di Selat Muria. Erosi ini disebabkan oleh dinamika arus laut dan pengaruh gelombang yang terjadi secara terus-menerus. Lapisan tanah yang tertutup oleh jalur pantai pun mudah terkikis oleh erosi, menyebabkan penurunan ketinggian wilayah serta kehilangan daratan.
Sementara itu, perubahan lapisan tanah juga turut serta dalam mempengaruhi perubahan wilayah Selat Muria. Adanya sedimentasi dan pengendapan material tanah akibat arus dan gelombang laut menjadi faktor yang ikut menyumbang dalam perubahan morfologi wilayah.
Dari hasil penelitian tersebut, tim ahli geologi UGM menegaskan bahwa kemungkinan wilayah Selat Muria tidak bisa muncul lagi merupakan konklusi yang kuat. Proses alamiah yang terjadi di wilayah ini memiliki dampak yang cukup signifikan dan sudah tidak dapat dihindari lagi. Oleh karena itu, pemahaman akan faktor-faktor geologi yang berperan penting dalam perubahan wilayah seperti ini menjadi kunci utama untuk menanggulangi dampak yang mungkin timbul di masa depan.