Namun, seiring berjalannya waktu, terjadi perubahan pada wilayah Selat Muria pada abad ke-17. Pendangkalan akibat sedimentasi sungai dan kondisi alamiah dari pasang surut membuat wilayah Selat Muria tidak lagi dapat digunakan sebagai jalur transportasi laut. Wilayah tersebut kemudian mulai dihuni dan digunakan untuk berbagai keperluan, membentuk wilayah-wilayah baru di kawasan Demak, Pati, dan Kudus.
Saat ini, ketika asumsi munculnya kembali Selat Muria terkait dengan banjir yang meningkat, para pakar melakukan berbagai penelitian dan analisis. Menurut Pakar Geologi Badan Riset dan Inovasi Nasional (BRIN) Eko Soebowo, penurunan tanah di wilayah tersebut tidak semata-mata disebabkan oleh banjir. Faktor-faktor lain, seperti sedimentasi, karakteristik tanah, serta aktivitas manusia, turut berperan dalam fenomena ini.
Eko menjelaskan bahwa wilayah Semarang, Demak, dan sekitarnya mengalami penurunan permukaan tanah yang bervariasi, dengan intensitas tertinggi mencapai 10 sentimeter per tahun. Faktor alami dan antropogenik menjadi penyebab utama dari penurunan muka tanah tersebut. Faktor alami, seperti karakteristik tanah sedimen muda dan aktivitas tektonik, turut berkontribusi pada penurunan muka tanah. Di sisi lain, faktor antropogenik, yang disebabkan oleh ulah manusia dan infrastruktur, juga menjadi penyebab utama dari fenomena ini.
