Namun, di sisi lain, eksistensi Bhineka Tunggal Ika diwarnai oleh berbagai tantangan. Salah satu tantangan utama yang dihadapi adalah terkait dengan intoleransi antar umat beragama. Seringkali, terjadi konflik akibat perbedaan keyakinan yang seharusnya menjadi sumber kekuatan bagi bangsa Indonesia. Tindakan intoleransi ini merusak kerukunan antar umat beragama dan dapat mengancam persatuan bangsa.
Menag Nasaruddin Umar juga menekankan bahwa menjaga Bhineka Tunggal Ika bukan hanya tanggung jawab pemerintah atau institusi keagamaan semata, namun juga merupakan tanggung jawab bersama seluruh masyarakat Indonesia. Setiap individu, terlepas dari latar belakang agama atau kepercayaan, memegang peran penting dalam menjaga kerukunan di tengah keberagaman.
Upaya untuk menjaga Bhineka Tunggal Ika juga memiliki implikasi yang sangat penting dalam konteks nilai keagamaan. Setiap agama mengajarkan prinsip perdamaian, toleransi, dan kasih sayang. Oleh karena itu, merusak kerukunan antar umat beragama sama dengan mengkhianati ajaran agama dan amanah Tuhan. Upaya untuk merusak kerukunan antar umat beragama merupakan sebuah tindakan yang bertentangan dengan nilai-nilai agama dan seharusnya dihindari.
