Di sisi lain, para guru besar Fakultas Kedokteran Universitas Indonesia (FKUI) kecewa dengan cara Kemenkes melaksanakan pemilihan anggota kolegium yang dianggap tidak transparan dan tidak sesuai dengan mekanisme voting yang ada. Dekan FKUI, Prof. Dr. dr. Ari Fahrial Syam, menyampaikan bahwa keputusan Kemenkes lebih banyak didasarkan pada kehendak birokrasi daripada suara terbanyak dari voting.
Situasi ini menimbulkan kekhawatiran akan hilangnya independensi lembaga ilmiah yang menjadi penentu standar pelayanan kesehatan dan pendidikan kedokteran di Indonesia.
