Namun, saat ini masih terdapat beberapa ketidakpastian terkait implementasi program ini. Salah satunya adalah mengenai menu makanan yang akan disediakan kepada siswa-siswi, serta alokasi anggaran pada setiap porsi makanan tersebut.
Diperlukan kerjasama antara pemerintah, sekolah, dan institusi terkait untuk menjaga kualitas dan keberlanjutan dari program Makan Bergizi Gratis ini. Selain itu, perlu adanya pengawasan yang ketat agar program ini dapat terlaksana dengan baik dan memberikan dampak yang positif bagi anak-anak sekolah di Indonesia..
