Pola curah hujan yang tidak merata juga menjadi salah satu dampak fenomena La Nina. Meskipun secara umum curah hujan meningkat, distribusinya tidak selalu merata di seluruh wilayah Indonesia. Beberapa daerah mungkin mengalami hujan yang sangat intens, sementara daerah lain justru mengalami kekeringan. Misalnya, wilayah Indonesia bagian barat seperti Sumatera dan Jawa cenderung menerima curah hujan yang lebih tinggi, sedangkan wilayah timur seperti Nusa Tenggara dan Maluku mungkin mengalami kondisi yang lebih kering. Hal ini disebabkan oleh pergeseran zona konvergensi antartropis (ITCZ) yang dipengaruhi oleh La Nina.
Dampak fenomena La Nina juga terlihat pada frekuensi dan intensitas bencana hidrometeorologi, seperti banjir dan tanah longsor. Peningkatan curah hujan yang signifikan selama La Nina sering kali menyebabkan sungai-sungai meluap dan tanah menjadi jenuh air. Akibatnya, risiko banjir dan longsor meningkat, terutama di daerah-daerah dengan topografi curam atau sistem drainase yang buruk. Beberapa kejadian banjir besar di Indonesia, seperti yang terjadi di Jakarta dan Semarang, sering kali dikaitkan dengan periode La Nina.
