Pasal 63 UU DKJ mengatur tentang peralihan status ibu kota dari Jakarta ke Ibu Kota Nusantara. Pasal ini menyatakan bahwa saat UU DKJ diundangkan, Provinsi Daerah Khusus Ibu Kota Jakarta tetap berkedudukan sebagai Ibu Kota Negara Kesatuan Republik Indonesia hingga adanya Keputusan Presiden yang menetapkan pemindahan Ibu Kota Negara Kesatuan Republik Indonesia dari Provinsi Daerah Khusus Ibu Kota Jakarta ke Ibu Kota Nusantara sesuai dengan ketentuan peraturan perundang-undangan.
Selain itu, Pasal 66 juga menjadi salah satu poin penting dalam UU DKJ. Pasal ini menegaskan bahwa dalam proses pemindahan ibu kota negara secara bertahap, penyelenggaraan urusan pemerintahan dan/atau kenegaraan termasuk tempat kedudukan lembaga negara dan organisasi lain yang berdasarkan ketentuan UU berkedudukan di Ibu Kota Negara, masih tetap dapat dilaksanakan di Daerah Khusus Jakarta sesuai dengan tahapan Peraturan Presiden yang mengatur perincian rencana induk IKN.
