Meskipun demikian, proses pembangunan tidak berjalan mulus. Pemerintah Provinsi Jawa Barat pada awalnya berjanji akan mendanai proyek ini melalui APBD, namun realisasi tersebut tidak kunjung terjadi hingga 2011. Akibat penundaan tersebut, pembangunan baru dapat dimulai pada tahun 2014, dimulai dengan pembersihan lahan dan penggalian fondasi. Dua tahun kemudian, pembangunan dapat dilanjutkan menggunakan anggaran dari Kementerian Perhubungan setelah Bandara Kertajati dimasukkan dalam Program Strategis Nasional (PSN).
Namun, tidak lama setelah beroperasi, pada April 2020, Bandara Kertajati harus menghentikan operasionalnya sementara akibat pandemi Covid-19. Menurut Direktur Utama PT BIJB saat itu, Salahudin Rafi, lonjakan penumpang sudah mulai menurun sejak Januari 2020, yang menyebabkan tidak ada maskapai yang lagi beroperasi.
Setelah melewati masa sulit akibat pandemi, Presiden Jokowi menetapkan target untuk mengoptimalkan operasional bandara ini pada Oktober 2023. Jokowi juga memberikan instruksi untuk pengalihan penerbangan dari Bandara Husein Sastranegara di Bandung menuju Kertajati. Namun, berbagai tantangan masih membayangi upaya ini.
Seiring dengan berbagai kendala yang dihadapi dalam pengoperasian bandara, pemerintah berambisi mengubah Bandara Kertajati menjadi pusat industri perawatan pesawat atau Maintenance, Repair and Overhaul (MRO) serta kawasan kedirgantaraan (Aerospace Park). Langkah ini diumumkan melalui penandatangan Perjanjian Induk (HoA) dan Nota Kesepahaman (MoU) antara PT GMF AeroAsia, PT BIJB, dan Kementerian PPN/Bappenas. Menurut Menteri Perhubungan, Dudy Purwagandhi, proyek ini bertujuan untuk memperkuat kemandirian industri penerbangan nasional, memanfaatkan keunggulan lokasi strategis dari Bandara Kertajati.
