Selain itu, Kepala Staf Kepresidenan, Moeldoko, mencatat bahwa kualitas kurang baik dari kratom telah mempengaruhi pasar ekspor, bahkan menyebabkan penolakan produk Indonesia oleh negara tujuan ekspor karena mengandung bakteri ecoli, salmonela, dan logam berat.
Sebagai upaya untuk menyelesaikan masalah ini, pemerintah tengah berupaya untuk mengatasi permasalahan kualitas kratom dengan mengatur tata niaga dan memperkenalkan standarisasi. Hal ini dilakukan agar kratom produksi Indonesia dapat memenuhi standar kualitas yang diakui secara internasional dan diharapkan dapat memperbaiki reputasi kratom Indonesia di pasar ekspor.
Pemberlakuan regulasi dan standar kualitas ini diharapkan juga akan menjaga keberlangsungan usaha para petani dan pengusaha dalam perdagangan tanaman kratom. Selain itu, dengan adanya upaya peningkatan kualitas dan kuantitas produksi, diharapkan juga dapat mendongkrak industri kratom sebagai komoditi ekspor yang mendatangkan devisa negara.