Selanjutnya, CKG Sekolah akan digelar secara lebih luas di sekolah-sekolah yang berada di bawah Kementerian Pendidikan Dasar Menengah (Kemendikasmen) maupun madrasah, dimulai pada 4 Agustus 2025. Pelaksanaannya dilakukan secara terkoordinasi, di mana puskesmas setempat berperan aktif dalam menyampaikan informasi awal kepada sekolah dan mengatur jadwal pemeriksaan. Pemeriksaan kesehatan yang dilakukan pun disesuaikan dengan jenjang pendidikan dan usia peserta didik, sehingga lebih tepat sasaran dan efektif dalam mendeteksi masalah kesehatan sejak dini.
Untuk jenjang SD atau sederajat yang berusia 7–12 tahun, pemeriksaan meliputi status gizi, tekanan darah, kesehatan mata, telinga, gigi, kesehatan jiwa, hingga deteksi penyakit seperti tuberkulosis, diabetes melitus, dan kebiasaan merokok. Selain itu, pemeriksaan kebugaran dilakukan untuk kelas 4–6, skrining hepatitis B, kesehatan reproduksi, serta pencatatan riwayat imunisasi bagi siswa kelas 1. Sementara itu, untuk jenjang SMP sederajat (13–15 tahun), pemeriksaan juga mencakup status gizi, tekanan darah, mata, telinga, gigi, kesehatan jiwa, tuberkulosis, diabetes melitus, dan kebiasaan merokok. Ditambah, ada pemeriksaan kebugaran, hepatitis B dan C, skrining anemia dan talasemia untuk kelas 7 dan 9, serta pencatatan riwayat imunisasi bagi siswa kelas 9.
