Pada April 1628, Mataram mengirim utusannya, Kyai Rangga, Bupati Tegal, ke Batavia untuk bernegosiasi. Namun, perundingan itu ditolak oleh JP Coen, yang kemudian memicu pertempuran antara Mataram dan VOC di Batavia. Dengan menggunakan Armada Bahureksa, pasukan Mataram membawa banyak barang dagangan sebagai dalih untuk berdagang di Batavia, tetapi pihak Belanda menjadi curiga.
Pertempuran terus berlanjut, dan pasukan Mataram mengalami kekalahan karena kurangnya perbekalan. Kegagalan dalam merebut Batavia membuat Sultan Agung marah. Pada 21 Oktober 1628, Tumenggung Bahureksa, Pangeran Madurareja, dan prajurit yang tersisa dihukum mati dengan cara dipenggal. Lebih mengerikan lagi, sekitar 744 mayat prajurit Mataram yang tidak dikuburkan ditemukan oleh VOC, beberapa di antaranya tanpa kepala.
Peristiwa tersebut menjadi pelajaran berharga bagi Mataram dan VOC. Sultan Agung, yang semula dikenal dengan keberaniannya, harus merasakan kegagalan yang memalukan, dan hukuman mengerikan bagi pasukannya. Di sisi lain, VOC juga belajar bahwa kekuatan dan ambisi Sultan Agung tidak boleh dianggap remeh. Keduanya kemudian terlibat dalam perjanjian perdamaian yang menguntungkan bagi kedua belah pihak.
