Seperti yang dikemukakan pada penelitian tahun 2014 ini, proses fermentasi kombucha berarti minuman tersebut kaya akan probiotik. Bakteri probiotik mirip dengan bakteri sehat yang ditemukan di usus.
Mengkonsumsi probiotik dapat memperbaiki kesehatan usus secara keseluruhan. Bakteri probiotik telah ditemukan untuk membantu mengobati diare, dan beberapa penelitian menunjukkan bahwa mereka dapat membantu memudahkan sindrom iritasi usus besar (IBS).
Diperlukan penelitian lebih lanjut tentang bagaimana kombucha meningkatkan kesehatan usus, namun kaitan antara probiotik dan kesehatan usus menunjukkan bahwa hal itu dapat mendukung sistem pencernaan.
Hubungan antara bakteri sehat dalam sistem pencernaan dan fungsi kekebalan tubuh menjadi lebih jelas karena lebih banyak penelitian berfokus pada kesehatan usus. Jika probiotik dalam kombucha memperbaiki kesehatan usus, mereka mungkin juga memperkuat sistem kekebalan tubuh.