Menurut para ahli, wilayah sekitar Candi Borobudur pada masa lalu dihuni oleh suku Kalingga atau suku Syailendra. Suku Kalingga merupakan salah satu suku yang memiliki kekuatan politik dan pengaruh besar pada masa kejayaan candi ini. Mereka dikenal sebagai pengusung agama Buddha di wilayah tersebut. Namun, teori lain juga mengatakan bahwa suku kuno yang mendiami wilayah sekitar Candi Borobudur juga masih mempertahankan kepercayaan animisme dan berbagai praktik kepercayaan lainnya, yang tercermin dalam relief-relief candi.
Selain itu, beberapa penemuan artefak dan benda-benda bersejarah di sekitar Candi Borobudur juga menimbulkan misteri tersendiri. Ada banyak temuan artefak yang menunjukkan adanya hubungan perdagangan dengan berbagai wilayah di Asia Tenggara dan Tiongkok. Hal ini menimbulkan pertanyaan mengenai bagaimana suku kuno ini mampu membangun struktur yang begitu megah dan bagaimana mereka membangun hubungan budaya dan perdagangan dengan wilayah di luar Jawa.