Akibat badai yang terjadi, Flor de la Mar dinyatakan tenggelam di Laut Aceh. Saat itu, tidak ada satupun orang yang berhasil menyelamatkan 60 ton emas tersebut. Meskipun hingga kini, lokasi pastinya masih menjadi misteri, diperkirakan bahwa emas tersebut masih tetap ada dan tahan terhadap aksi korosi meskipun telah berabad-abad terendam di laut. Meskipun demikian, hingga kini belum ada pemburu harta karun yang berhasil menemukannya.