Sebagai lembaga baru, Badan Gizi Nasional memiliki tantangan besar dalam melaksanakan tugasnya. Selain harus menyusun strateginya untuk mengimplementasikan program MBG, BGN juga diharapkan dapat berkoordinasi dengan berbagai kementerian dan lembaga lain untuk memastikan bahwa distribusi pangan bergizi berjalan lancar. Kerja sama dengan pemda, sektor swasta, dan organisasi non-pemerintah juga sangat krusial dalam mencapai tujuan program ini.
Alokasi anggaran yang signifikan untuk BGN tercermin dari kesadaran pemerintah akan pentingnya isu gizi dalam pembangunan nasional. Dengan memprioritaskan kesehatan mental dan fisik masyarakat melalui penguatan gizi, program ini mendapat dukungan penuh dari banyak pihak. Selain itu, Badan Gizi Nasional diharapkan dapat menjadi pusat informasi dan riset terkait isu-isu gizi, sehingga bisa memberikan informasi yang akurat dan terkini kepada masyarakat.
Meski demikian, tantangan dalam pelaksanaan program ini tetap ada. Salah satu tantangan terbesar adalah memastikan bahwa semua masyarakat, terlepas dari lokasi dan status ekonomi, dapat merasakan manfaat dari program Makan Bergizi Gratis. Hal ini memerlukan upaya keras dan inovasi dalam distribusi pangan serta pendidikan gizi kepada masyarakat. Diperlukan juga pengawasan yang ketat untuk memastikan bahwa program ini berjalan dengan efektif dan efisien.