Bahkan Charles Darwin, penulis "The Origin of Species," memiliki masalah dengan spesies.
"Saya sangat terkesan betapa samar dan sewenang-wenangnya perbedaan antara spesies dan varietas," tulis Darwin dalam karyanya 1859.
Mengkategorikan spesies bisa menjadi sangat kabur pada skala mikroba kecil. Bagaimanapun, definisi klasik spesies sebagai perkawinan silang tidak berlaku untuk organisme aseksual. Memeriksa DNA tidak banyak membantu: misalnya bakteri E. coli hanya memiliki 20 persen gen yang sama. Proses klasifikasi semakin rumit karena banyak mikroba bekerja sangat erat sehingga tidak jelas apa yang harus memanggil organisme terpisah, apalagi spesies yang terpisah.
