Namun, dengan semua kemajuan teknologi yang membawa dampak positif, juga ada sejumlah tantangan yang dihadapi oleh generasi di era Society 5.0. Salah satunya adalah perubahan dalam tatanan ekonomi akibat otomatisasi dan robotisasi di berbagai sektor. Hal ini dapat menyebabkan perubahan besar dalam kebutuhan tenaga kerja dan keterampilan yang diperlukan untuk tetap relevan di pasar kerja yang terus berubah. Generasi masa depan dituntut untuk memiliki keterampilan yang mampu bersaing dalam lingkungan kerja yang semakin terhubung dengan teknologi.
Selain itu, pemanfaatan teknologi yang cerdas juga membawa kekhawatiran tentang privasi dan keamanan data. Dengan semakin banyaknya informasi pribadi yang dikumpulkan oleh sistem teknologi, penting bagi generasi di era Society 5.0 untuk memiliki pemahaman yang baik tentang perlindungan data dan keamanan cyber.
Dalam masyarakat yang semakin terhubung secara digital, tantangan lainnya adalah mengatasi kesenjangan digital. Generasi di era Society 5.0 perlu memastikan bahwa semua orang memiliki akses yang sama terhadap teknologi dan informasi, sehingga tidak ada yang tertinggal dalam menghadapi perubahan yang terus berlangsung.