Cak Nur juga percaya bahwa keberagaman dalam berpolitik haruslah dihargai dan diterima. Dalam pandangannya, dunia politik bukanlah arena untuk menegakkan syariat Islam secara kaku, tetapi seharusnya menjadi tempat untuk menciptakan keadilan sosial bagi seluruh rakyat, tanpa memandang latar belakang agama. Dalam hal ini, agama dapat berfungsi sebagai etika atau moral dalam pengambilan keputusan, tanpa harus terjebak dalam identitas partai tertentu.
Gagasan Cak Nur ini sering kali mendapatkan tanggapan beragam dari kalangan intelektual, aktivis, maupun pemuka agama. Ada yang mendukung penuh pemikiran tersebut, sementara yang lainnya merasa bahwa belang politik yang kental dalam partai-partai Islam tetap diperlukan untuk memperjuangkan aspirasi umat. Namun, apapun pandangannya, Cak Nur tidak dapat dipisahkan dari konteks Indonesia yang kaya akan budaya, agama, dan ideologi politik.
Konteks Indonesia sebagai negara yang plural sangat memengaruhi cara pandang Cak Nur terhadap politik Islam. Ia berupaya mendorong adanya interpretasi yang lebih inklusif dan moderat terhadap Islam. Fatwa-fatwa yang bersifat diskriminatif atau intoleran sangat ditentangnya. Dalam wacana politik, Cak Nur menginginkan agar semua elemen masyarakat dapat berkontribusi tanpa sekat-sekat yang dibangun oleh partai politik berbasis agama. Ia percaya bahwa semangat kebangsaan dan keadilan sosial haruslah menjadi tujuan utama setiap upaya politik, bukan sekadar memperjuangkan kekuasaan untuk segelintir orang atau kelompok.
