Dengan polemik yang terjadi, diharapkan bahwa hal ini dapat mendorong peningkatan kualitas dan efektivitas program-program Kementerian HAM. Hambatan, kritik, serta masukan dari berbagai pihak seharusnya dijadikan sebagai tantangan untuk terus melakukan perbaikan demi mewujudkan perlindungan dan penegakan HAM yang lebih baik di Indonesia.
Dalam menghadapi polemik seputar usulan anggaran ini, Natalius Pigai menyatakan bahwa kebijakan yang diambilnya merupakan bagian dari upaya untuk menjadikan HAM sebagai pusat atau fokus utama kebijakan di Republik Indonesia. Dengan demikian, peran Menteri HAM sebagai pemangku kebijakan di bidang HAM diharapkan dapat terus berkembang dalam menghadapi berbagai tantangan dan dinamika yang ada.