Kedatangan armada besar Portugis dipimpin oleh d'Abreu tidak hanya membawa peralatan dagang, tetapi juga senjata. Dengan mudah Portugis berhasil mengatasi perlawanan-perlawanan yang mengganggu keberadaan mereka. Mereka berhasil menguasai Selat Malaka, memenangi pertempuran melawan Kesultanan Demak, dan akhirnya merebut kekuasaan atas Maluku. Pada awalnya kedatangan Portugis diterima baik oleh Sultan Ternate, Baabulah, yang saat itu sedang berselisih dengan Tidore.
Sebagai akibatnya, Sultan Ternate bersama Portugis bersekongkol, memungkinkan pasukan d'Abreu untuk memonopoli perdagangan rempah-rempah. Dalam pertukaran tersebut, Ternate hanya meminta pembangunan benteng dan persenjataan untuk melawan Tidore.
Portugis mulai meraup keuntungan dari wilayah Indonesia. Mereka menjadi negara pertama di dunia yang menemukan sumber rempah-rempah, sehingga keuntungan yang mereka peroleh pada saat itu sangatlah besar. Selain dari sisi bisnis, Portugis juga mencoba menyebarkan agama mereka di wilayah penjajaannya. Sejarawan Adnan Amal dalam bukunya "Kepulauan Rempah-Rempah" (2010) menceritakan bahwa sekitar 10.000 orang Ternate beralih dari Islam ke Katolik setelah kedatangan Portugis, dan terbentuklah komunitas Katolik yang beranggotakan 800 orang.
