Misi pesantren siswa Al Masoem ini adalah menyiapkan generasi Islamai yang berakhlaq baik dan berintelektual tinggi, sehingga mereka dituntut konsentrasi penuh belajar dengan target yang mengarah pada pencapaian misi tersebut.
Hal lain yang menjadi program khusus pesantren antara lain adalah pembinaan hapalan (tahfidz) Al Quran, seperti yang dilakukan saat bulan ramadhan ini, para santri sebagian mengikuti karantina tahfidz dengan target hapal Al Quran 3 juz selama 2 (dua) minggu.
