Kotoran kelelawar yang ditemukan di gua-gua membantu menjaga ekosistem gua karena berfungsi sebagai sumber makanan bagi bakteri dan organisme lain.
# Berperan menjaga hutan
Kelelawar adalah salah satu penyebar benih utama untuk meregenerasi hutan hujan tropis yang sehat. Saat buah dimakan kelelawar, bibitnya disebarkan melalui guano, yakni kotoran kelelawar.
Sebuah penelitian pada tahun 1999 menunjukkan bahwa 300 spesies tanaman mengandalkan kelelawar buah untuk menyebarkannya, dan kelelawar ini dapat menyebarkan benih ratusan kilometer.
