Banyak pihak menolak kebijakan ini termasuk keluarga besar Nahdlatul Ulama (NU). Ketua Umum Pengurus Besar NU (PBNU), Said Aqil Siraj menolak keras pemberlakuan kebijakan FDS ini karena dikhawatirkan akan membuat keberadaan pesantren semakin terkikis.
Di wilayah NU, pada umumnya siswa akan menempuh pendidikan umum terlebih dahulu pada pagi hingga siang hari dan setelah pulang sekolah akan menempuh pendidikan di madrasah hingga sore hari. Hal ini lah yang membuat Said Aqil Siraj menolak adanya FDS karena nantinya siswa tidak bisa lagi menghadiri pendidikan di madrasah.
