Protease merupakan enzim yang berperan dalam proses proteolisis, yaitu pemecahan protein menjadi asam amino. Enzim ini digunakan dalam industri pengolahan makanan untuk mempercepat proses fermentasi, misalnya dalam pembuatan keju, bir, dan kedelai fermentasi. Namun, protease juga dapat merugikan dalam industri pengawetan, karena dapat menyebabkan kerusakan pada protein dalam makanan dan mengurangi daya simpan produk.
Alfa-amilase adalah enzim yang berperan dalam proses pembelahan pati menjadi molekul-molekul gula yang lebih sederhana. Enzim ini banyak digunakan dalam industri pengolahan makanan, misalnya dalam pembuatan bir, roti, serta produksi sirup glukosa. Namun, alfa-amilase juga dapat memberikan dampak negatif dalam pengolahan makanan, seperti mempercepat kerusakan pati pada produk pangan.
Polifenol oksidase, lipoksigenase, dan klorofil oksidase merupakan enzim yang umumnya memberikan dampak negatif dalam proses pengolahan dan pengawetan makanan. Polifenol oksidase, misalnya, dapat menyebabkan perubahan warna dan rasa pada buah-buahan. Lipoksigenase dapat menyebabkan oksidasi lemak, yang mengakibatkan terbentuknya senyawa-senyawa tidak diinginkan dalam minyak dan lemak, seperti ketulenan. Sementara itu, klorofil oksidase dapat mempercepat perubahan warna pada sayuran dan buah-buahan, sehingga mempercepat kehilangan kualitas nutrisi dan daya tarik visual.
