Selanjutnya, isu kedua yang terungkap adalah tentang kualitas dan standarisasi layanan makanan yang diberikan. Ketiga, ada dampak bagi ekosistem sekolah, di mana guru terpaksa menanggung beban tambahan dan omzet kantin di sekolah mengalami penurunan signifikan. Masalah terakhir terkait aksesibilitas dan inklusivitas, terutama di sekolah luar biasa yang dinilai belum sepenuhnya terakomodir dalam program ini.
Di sisi lain, dalam lingkungan SPPG, ICW menemukan bahwa terdapat kekurangan transparansi dalam proses seleksi mitra. Ada perbedaan mencolok dalam sistem distribusi dan pembayaran yang diterapkan. Beberapa SPPG diketahui didominasi oleh unsur TNI, yang menimbulkan kecurigaan tentang netralitas pengelolaan anggaran publik dan berpotensi melanggar UU No. 28 Tahun 1999 tentang Penyelenggaraan Negara Bersih, khususnya mengenai larangan nepotisme.
Penemuan ICW ini sejalan dengan laporan investigasi yang dilakukan oleh Tempo, di mana ditemukan bahwa aktor di balik yayasan yang terlibat dalam program ini adalah keluarga dan pendukung Prabowo dalam pemilihan presiden 2024. Ini terkuak berkat informasi yang diterima tim investigasi dari narasumber yang mengetahui secara langsung tentang pelaksanaan program makan bergizi gratis di beberapa daerah. Laporan lengkap investigasi tersebut dipublikasikan pada 20 April 2025.
Eva menambahkan bahwa ICW berencana untuk membawa temuan-temuan ini ke dalam pembahasan bersama Koalisi Masyarakat Sipil supaya dapat ditindaklanjuti lebih jauh. Ia menegaskan bahwa pelaksanaan proyek MBG di Jakarta menunjukkan bahwa tata kelolanya masih sangat jauh dari prinsip good governance.
