Tidak hanya itu, UU Pilkada juga mempersilakan kepala desa untuk membuat keputusan atau tindakan yang menguntungkan atau merugikan salah satu pasangan calon kepala daerah. Pasal 71 ayat (2) UU Pilkada juga mengatur bahwa kepala daerah tidak diperkenankan melakukan penggantian pejabat enam bulan sebelum tanggal penetapan pasangan calon sampai akhir masa jabatan. Syarat ini baru dapat dikecualikan apabila mendapat persetujuan tertulis dari menteri terkait.
Pernah terjadi dugaan bahwa aparat kepala desa tidak netral dan berpihak pada salah satu pasangan calon dalam Pemilu Presiden tahun 2024 lalu. Dalam sidang gugatan Pilpres 2024 di Mahkamah Konstitusi, kuasa hukum pasangan Anies Baswedan-Muhaimin Iskandar (AMIN) dan pasangan Ganjar-Mahfud MD sempat membawa dugaan tidak netralnya aparat kepala desa ke permukaan.
