Keheranan juga dilontarkan oleh Mudzakkir terhadap langkah Kejaksaan Agung (Kejagung) dalam menetapkan Tom Lembong sebagai tersangka. Ia mempertanyakan dasar hukum yang digunakan oleh Kejagung dalam memproses kebijakan Tom Lembong yang menyebabkannya menjadi tersangka.
Mudzakkir menjelaskan bahwa tindakan dapat dipidana apabila diatur dalam undang-undang. Namun, berdasarkan pasal 23 Kepmenperindag Nomor 527/2004, dinyatakan bahwa "pengecualian terhadap ketentuan dalam Keputusan ini hanya dapat ditetapkan oleh Menteri". Oleh karena itu, tindakan yang melanggar kebijakan tersebut seharusnya diselesaikan dalam ranah hukum administrasi.
Dalam kasus peraturan menteri, Mudzakkir menegaskan bahwa pelanggaran terhadap kebijakan tidak dapat dipidana, dan hal tersebut sesuai dengan bidang hukum administrasi. Kebijakan yang diambil oleh seorang menteri juga tidak dapat dipidana menurut pandangan beliau.
