Kehadiran Prabowo dalam pemerintahan Jokowi, meskipun dalam kapasitas Menteri Pertahanan, telah memunculkan kekhawatiran akan potensi konflik kepentingan. Prabowo sendiri memiliki latar belakang sebagai seorang perwira tentara yang telah memiliki kedekatan dengan kalangan militer Korea Selatan. Hal ini menimbulkan spekulasi bahwa Prabowo mungkin memiliki keterlibatan yang mendalam dalam proyek IKN, dan menguasai informasi strategis terkait proyek tersebut.
Di sisi lain, hubungan politik antara Jokowi dan Prabowo yang selama ini telah tegang, menimbulkan keraguan akan kemampuan keduanya untuk bekerja sama secara efektif terkait dengan proyek IKN ini. Ada spekulasi bahwa Prabowo dapat memanfaatkan informasi sensitif terkait proyek IKN sebagai alat tawar dalam negosiasi politik dengan Jokowi, atau sebaliknya.
Dampak dari situasi ini tidak hanya berpengaruh terhadap hubungan politik dalam negeri, namun juga hubungan bilateral Indonesia-Korea Selatan. Terjalinnya kerja sama strategis dengan Korea Selatan menjadi krusial bagi Indonesia, terutama dalam hal teknologi dan investasi. Namun, situasi politik dalam negeri yang tegang dapat menghambat kemajuan proyek IKN.
