Dengan segala kebijakan tersebut, Sultan Agung mampu memerintah Mataram Islam dengan baik, menjaga kestabilan politik, ekonomi, dan kebudayaan, meskipun belakangan berkembang perbedaan signifikan dalam kepemimpinan di masa-masa berikutnya.
Dengan demikian, warisan Sultan Agung memiliki arti yang sangat penting dalam sejarah Kerajaan Mataram Islam, yang menjadi cermin dan sumber inspirasi dalam kepemimpinan serta peradaban Jawa-Islam di masa-masa berikutnya.