Sejak awal kasus ini masuk ke persidangan, nama Setya Novanto memang disebut jaksa dalam surat dakwaan untuk terdakwa korupsi proyek e-KTP. Setya disebut bersama-sama dengan enam orang lainnya, termasuk dua terdakwa e-KTP. Dalam surat dakwaan untuk dua terdakwa Sugiharto dan Irman disebutkan Setya Novanto bersama-sama melakukan korupsi dengan Irman dan Sugiharto, terdakwa kasus dugaan korupsi pengadaan proyek e-KTP. Peran Novanto dibeberkan jaksa KPK untuk mendorong fraksi-fraksi di DPR agar mendukung proyek itu.
Lebih lanjut, Ketua KPK, Agus menyatakan bahwa SN diduga menguntungkan diri atau orang lain atau korporasi. SN juga diduga menyalahgunakan kewenangan dan jabatan dimana ia diduga ikut mengakibatkan kerugian negara Rp 2,3 triliun dari nilai proyek Rp 5,9 triliun.
SN disangka melanggar Pasal 3 atau Pasal 2 ayat 1 Undang-Undang Nomor 31 Tahun 1999 sebagaimana diubah dalam UU Nomor 20 Tahun 2001 tentang Pemberantasan Tindak Pidana Korupsi jo Pasal 55 ayat 1 ke-1 KUHP.
***
