Van Opijnen dan rekan penulis Karen Zhu, seorang mahasiswa doktoral BC, dan mantan peneliti post-doktoral Paul Jensen, yang sekarang berada di University of Illinois, menggabungkan sejumlah besar data eksperimen dengan model komputasi skala besar baru yang mereka kembangkan untuk menghasilkan yang baru. Wawasan dan tantangan beberapa asumsi lama tentang interaksi antara bakteri dan obat yang dirancang untuk mengobati mereka.
S. pneumoniae membunuh sekitar 1,5 juta orang setiap tahunnya. Dalam penelitian sebelumnya, van Opijnen dan rekannya telah mengungkapkan bahwa bakteri merespons secara unik terhadap antibiotik. Kali ini, tim peneliti melihat bagaimana bakteri merespons berbagai penyebab tekanan. Tim tersebut menggunakan dua pendekatan analitis - yang digunakan selama bertahun-tahun dan yang dikembangkan di laboratorium van Opijnen.
Tim menggunakan proses yang dikenal sebagai sekuens RNA, atau RNA-Seq, untuk menilai gen bakteri yang diprovokasi untuk berubah, sebuah proses yang dikenal sebagai transkripsi. Kegiatan ini telah lama dipandang sebagai cara untuk memahami bagaimana bakteri memerangi antibiotik dan tekanan lainnya.
Selama lebih dari dua tahun, eksperimen RNA-Seq tim menganalisis 800 juta urutan genetik dan menghasilkan 150.000 titik data. Tn-Seq menganalisis 1,2 miliar sekuens dan menghasilkan 300 juta titik data, kata Zhu.
