S. pneumoniae membunuh sekitar 1,5 juta orang setiap tahunnya. Dalam penelitian sebelumnya, van Opijnen dan rekannya telah mengungkapkan bahwa bakteri merespons secara unik terhadap antibiotik. Kali ini, tim peneliti melihat bagaimana bakteri merespons berbagai penyebab tekanan. Tim tersebut menggunakan dua pendekatan analitis - yang digunakan selama bertahun-tahun dan yang dikembangkan di laboratorium van Opijnen.
Tim menggunakan proses yang dikenal sebagai sekuens RNA, atau RNA-Seq, untuk menilai gen bakteri yang diprovokasi untuk berubah, sebuah proses yang dikenal sebagai transkripsi. Kegiatan ini telah lama dipandang sebagai cara untuk memahami bagaimana bakteri memerangi antibiotik dan tekanan lainnya.
Selama lebih dari dua tahun, eksperimen RNA-Seq tim menganalisis 800 juta urutan genetik dan menghasilkan 150.000 titik data. Tn-Seq menganalisis 1,2 miliar sekuens dan menghasilkan 300 juta titik data, kata Zhu.
Para peneliti membangun model metabolik dari respons terkoordinasi terhadap kekurangan nutrisi, gen yang merespons berdekatan satu sama lain. Ketika diuji dengan antibiotik, model tersebut menunjukkan bahwa respons jaringan dan gen tersebut tidak lagi berdekatan.
"Dalam hal penipisan nutrisi, bakteri 'tahu' bagaimana mengkoordinasikan aktivitas untuk menghadapinya. Tetapi dengan pemicu invasif yang baru, seperti antibiotik, bakteri mungkin tidak mampu menemukan cara untuk menghasilkan respons yang terkoordinasi. "
