Lebih jauh lagi, junk food dapat mempengaruhi kesehatan pencernaan. Makanan ini biasanya rendah serat dan tidak mengandung nutrisi penting yang diperlukan untuk menjaga sistem pencernaan yang sehat. Akibatnya, konsumsi jangka panjang dapat menyebabkan berbagai masalah pencernaan, seperti sembelit dan gangguan pencernaan. Ketika pencernaan terganggu, tubuh akan kesulitan menyerap nutrisi yang dibutuhkan, yang pada gilirannya dapat berkontribusi pada kekurangan gizi.
Tak hanya itu, efek dari mengonsumsi junk food juga dapat terlihat pada penurunan fungsi otak. Beberapa studi menunjukkan bahwa diet tinggi lemak dan gula tidak hanya mempengaruhi kesehatan fisik, tetapi juga kognisi. Konsumsi junk food berlebihan dapat berdampak negatif pada memori dan kemampuan belajar, karena otak memerlukan nutrisi tertentu untuk berfungsi dengan baik. Dengan kata lain, pola makan buruk dapat mengganggu perkembangan kognitif dan meningkatkan risiko gangguan neurodegeneratif di usia lanjut.
Satu lagi efek jangka panjang yang sering diabaikan adalah dampaknya pada sistem kekebalan tubuh. Makanan yang tinggi kalori dan rendah nutrisi dapat melemahkan sistem pertahanan tubuh, membuat individu lebih rentan terhadap infeksi dan penyakit. Nutrisi yang buruk menyebabkan tubuh tidak mendapatkan cukup vitamin dan mineral, yang berperan penting dalam menjaga daya tahan tubuh. Akibatnya, orang yang sering mengonsumsi junk food lebih terpapar pada berbagai masalah kesehatan.