Selain itu, pelayanan kesehatan terhadap penyakit atau cedera akibat kecelakaan kerja atau hubungan kerja yang telah dijamin oleh program jaminan kecelakaan kerja atau menjadi tanggungan pemberi kerja, pelayanan kesehatan yang dijamin oleh program jaminan kecelakaan lalu lintas yang bersifat wajib sampai nilai yang ditanggung oleh program jaminan kecelakaan lalu lintas sesuai hak kelas rawat peserta, serta pelayanan kesehatan tertentu yang berkaitan dengan Kementerian Pertahanan, Tentara Nasional Indonesia (TNI), dan Polri juga tidak termasuk dalam jaminan BPJS Kesehatan.
Lebih jauh lagi, pelayanan kesehatan yang diselenggarakan dalam rangka bakti sosial, pelayanan yang sudah ditanggung dalam program lain, serta pelayanan lainnya yang tidak ada hubungan dengan manfaat jaminan kesehatan yang diberikan juga tidak ditanggung oleh BPJS Kesehatan. Hal ini menunjukkan bahwa BPJS Kesehatan menempatkan batasan-batasan tertentu terkait penyakit yang bisa ditanggung dan tidak ditanggung dalam program jaminan kesehatannya.
Dalam implementasinya, program BPJS Kesehatan juga menyelenggarakan pembagian iuran berdasarkan tiga kelas, yaitu kelas 1, kelas 2, dan kelas 3. Peserta BPJS Kesehatan kelas 1 wajib membayar iuran sebesar Rp150 ribu per orang per bulan, sedangkan kelas 2 sebesar Rp100 ribu per orang per bulan. Sementara, iuran kelas 3 sebesar Rp35 ribu per orang per bulan. Meskipun begitu, iuran kelas 3 sebenarnya mencapai Rp42 ribu tetapi mendapatkan subsidi dari pemerintah sebesar Rp7.000.
