Beberapa di antara benda cagar budaya tersebut adalah batu lumpang, guci, lingga semu, dan gamelan Kyai Cokronegoro peninggalan Bupati Purworejo, Cokronegoro I yang merupakan hadiah dari Kraton Surakarta pada 1830 M. Banyak benda pusaka yang dititipkan dari warga yang dirawat di Museum Tosan Aji. Selain sejumlah benda pusaka, di dalam museum juga tersimpan sesosok jenglot yang belum lama dititipkan oleh warga Magelang.
Perawatan tosan aji biasanya tidak seperti merawat barang pada umumnya, setiap penanggalan Jawa atau satu Sura diadakan sebuah ritus jamasan pusaka. Namun dalam ritual di museum tidak mengenal bulan Sura, hanya sebagai simbol saja. Dilakukan kapan saja selama ada waktu.
Koleksi pusaka yang dimiliki museum ini lebih dari 1.000 bilah senjata. Tidak saja berasal dari peninggalan Kerajaan Majapahit tapi juga dari masa Kerajaan Pajajaran. Tersimpan pula benda-benda cagar budaya lain.
