Alasan di balik kudeta ini masih menjadi perdebatan di kalangan sejarawan dan politikus hingga saat ini. Ada yang berpendapat bahwa G30S merupakan hasil dari ketegangan antara kelompok militer dan PKI yang semakin dekat dengan kekuasaan. Rencana gencarnya PKI untuk mengganti sistem pemerintahan yang berlandaskan Pancasila dengan ideologi komunis menjadi salah satu faktor pendorong terjadinya kudeta. Sebagian pihak juga meyakini bahwa keterlibatan pihak asing, seperti Amerika Serikat, berkontribusi terhadap terjadinya peristiwa tragis ini, dengan cara mendukung kekuatan militer yang berusaha untuk menanggulangi kebangkitan PKI.
Kejadian setelah G30S membawa dampak jangka panjang yang signifikan terhadap politik Indonesia. Penguasa baru, Jenderal Suharto, muncul sebagai pemimpin yang mengarahkan roda pemerintahan dan membangun rezim Orde Baru. Dalam konteks ini, penanganan terhadap isu PKI dan gerakan komunis lainnya menjadi salah satu agenda utama. Operasi penangkapan dan pembunuhan terhadap anggota PKI terus dilakukan di seluruh penjuru tanah air. Suharto menggunakan peristiwa G30S sebagai legitimasi untuk menindak tegas setiap gerakan yang dianggap mengancam stabilitas negara.