Namun, di sisi lain, terdapat juga tanggapan kritis terhadap keputusan ini. Sejumlah pihak menyoroti potensi dampak negatif terhadap koordinasi antara Kementerian PUPR dengan Kementerian terkait lainnya. Pemisahan ini dianggap memiliki potensi meningkatkan birokrasi dan kerumitan dalam proses koordinasi antarlembaga, yang pada akhirnya dapat memperlambat proses pengambilan keputusan dan pelaksanaan program pembangunan.
Di tengah beragam tanggapan yang muncul, penting bagi pemerintah untuk mempertimbangkan secara seksama dampak dan implikasi dari keputusan ini. Sebagai bagian dari upaya menjaga stabilitas dan keberlangsungan pembangunan di Indonesia, pemisahan Kementerian PUPR harus diiringi dengan strategi yang kokoh guna mengatasi potensi kendala yang mungkin timbul.
Dengan demikian, ketua MPR yang memberikan dukungan terhadap pemisahan Kementerian PUPR di kabinet Prabowo mengundang diskusi luas di masyarakat. Namun, segala keputusan yang diambil perlu diseleksi dengan cermat untuk memastikan bahwa langkah-langkah tersebut akan memberikan manfaat lebih besar bagi pembangunan infrastruktur dan perumahan di Indonesia.