Akhirnya kasus mega proyek e-KTP sebesar 5,9 Triliun yang menjadikan dirinya sebagai tersangka setelah KPK menduga Setya merupakan aktor penting yang mendorong golnya proposal anggaran untuk e-KTP. Anggaran sebesar 5,9 Triliun ini ternyata 2,3 Triliun dibagi-bagikan ke beberapa orang yang terlibat korupsi mega proyek e-KTP ini.
