Namun, perjalanan politik Aung San Suu Kyi tidak selamanya mulus. Meskipun ia mengawasi kemajuan menuju demokrasi, banyak yang mulai mengkritik kepemimpinannya, terutama terkait kebijakan pemerintahannya terhadap minoritas Muslim Rohingya. Krisis yang terjadi pada tahun 2017, di mana ratusan ribu pengungsi Rohingya melarikan diri ke negara bagian Bangladesh akibat kekerasan militer, membuat nama Suu Kyi kembali dipertanyakan. Kritikan datang dari berbagai penjuru dunia, menuduhnya mengabaikan pelanggaran hak asasi manusia yang terjadi di bawah kepemimpinannya.
Aung San Suu Kyi membela kebijakannya dengan alasan bahwa situasi di Rakhine adalah kompleks dan bukan semata-mata soal diskriminasi terhadap Rohingya. Ia mengatakan bahwa pemerintahannya berusaha untuk menanggulangi kekerasan dan mengembalikan stabilitas. Namun, argumen tersebut tidak menghentikan sorotan dunia yang terus mengkritik. Banyak pengamat internasional merasa kecewa karena sosok yang sebelumnya dianggap sebagai pembela demokrasi itu kini terjebak dalam kontroversi hak asasi manusia.
Meski demikian, Suu Kyi tetap mempertahankan posisinya dan melawan tuduhan-tuduhan terhadap pemerintahannya. Pada tahun 2019, ia bahkan dihadapkan pada pengadilan di Mahkamah Internasional terkait tuduhan genosida terhadap Rohingya. Pidatonya di hadapan pengadilan mencerminkan tekadnya untuk melawan kritik internasional, tetapi menciptakan ketidakpuasan di dalam negeri dan luar negeri. Banyak yang merasa bahwa tindakan ini melemahkan citranya sebagai pembela hak asasi manusia.
